Tartu-Maarja kirikukihelkond asus Tartu linna vahetus ümbruses. See on üks vanimaid kihelkondi Eesti aladel, mis moodustati juba 13. sajandi esimeses pooles varasemast Jogentagana muinaskihelkonnast põhja pool ning Tartust juhitud muinaskihelkonnast lõuna pool.

Keskajal kujuneb Tartu linnast üks olulisemaid siinseid keskuseid. Ometi ei ole tegemist tänapäeva mõttes suur-linnaga. Suurem arenguhüpe saabub koos tsaariajal toimunud moderniseerumise ja linnastumisega. Tartu rahvaarv kasvab 19. sajandi jooksul 8000-lt 42000-le. Tartu-Maarja kihelkond Tartu linna ümber oli tihedalt asustatud ning siin oli palju mõisaid.

1833. aastal liideti omavahel Tartu-Maarja ehk maarahvakogudus ning Tartu linna eestikeelne luteri kogudus. Ühinenud kogudustele valmis 1842. aastal Tartu-Maarja kirik. See on kirik, mis mängis olulist rolli ärkamisajal. Siin peeti esimese laulupeo eelproov ning siinne kirikuõpetaja Willigerode oli üks esimese laulupeo korraldajatest.

Kirik sai oluliselt kannatada II maailmasõja pommitamise käigus ning võeti ümberehitatuna 1961. aastal kasutusele hoopis Eesti Põllumajandusakadeemia spordikompleksina.